二手質譜串聯技術與蛋白質分析

二手串連質譜分析蛋白質的糖蛋白

糖蛋白在細胞內部，細胞膜和細胞外均有發現，大部分蛋白質是糖蛋白。對糖蛋白的檢測和分析發現，糖蛋白中糖組分的結構和功能具有多樣性。糖蛋白中的糖通常是不同種類的，而且是由一些可控數量的單糖組成。糖基化的多樣性與細胞周期，細胞分化和發展的狀態有關。在蛋白組時代中，蛋白質的修飾會引起其理化性質的改變，因此是不容忽視的。

從1D或2D凝膠得到的糖基化蛋白的識別，一般是進行MALDI-MS指紋分析，或是對MALDI-PAD或ESI-MS/MS得到的碎片譜進行分析。對完整的糖蛋白的研究是非常困難的，所有已知的離子化技術都有其局限性。目前，人們主要研究糖肽，其好處之一就是質量減小了，這就會得到更好的分辨率，而且糖肽仍保留了糖基化位點。將分離的糖蛋白用不同的蛋白酶消化后就可進行糖肽的研究。一旦糖肽被識別出，就可以用串連質譜(ESI-MS/MS)來闡明肽序列。當蛋白的序列已知時，計算質量差就可推出其上附著的寡糖的質量。

二手LCMSMS質譜分析蛋白質中磷酰氨基酸
蛋白質中氨基酸的磷酸化在生命系統中起重要的作用。磷酸化經常作為分子開關控制不同過程蛋白質的活性，如新陳代謝，信號傳導，細胞分裂等過程。因此，蛋白質中磷酰氨基酸的識別在蛋白質分析中是一項重要的工作。

已知的磷酰氨基酸的類型有四種：
(1)O-磷酸鹽，通過羥氨酸的磷酸化形成的，如絲氨酸，蘇氨酸，酪氨酸。
(2)N-磷酸鹽，通過精氨酸，賴氨酸或組氨酸中的氨基的磷酸化形成的。
(3)乙酰磷酸鹽，通過天冬氨酸或谷氨酸的磷酸化形成的。
(4)S-磷酸酯，通過半胱氨酸的磷酸化形成的。

用質譜分析磷酸化時主要存在的問題是，混合物中磷酸化肽的信號被抑制。因此只有當一些非磷酸化肽的含量降低(或磷酸化的肽被富集)后,分析磷酸化的肽才會變得容易些。一些相應的用于質譜分析的前磷酸化肽或磷酸化蛋白質的分離和富集方法和技術已有所發展，現已建立的分離技術有：雙向磷酸多肽譜圖(2D-PP)，高分辨率的凝膠電泳(2DE)和反相高效液相色譜(RP-HPLC)。對于32P標記的磷酸化肽或蛋白可用放射自顯影或磷儲屏檢測，提取后可以高靈敏度MALDI-MS分析；如果32P標記不可行，就要用二手LC-MS-MS分析，常用HPLC與質譜聯用。